En la UEFA, los de Luis Aragonés cayeron en octavos de final de la competición ante el Newcastle United inglés, después de dejar en la cuneta al Apoel FC (Chipre), al FC Copenhagen (Dinamarca) y al Spartak de Moscú (Rusia). En Liga, el Mallorca lograría una meritoria 11ª plaza final gracias a un último tramo extraordinario en el que por encima de todo destacó el apoyo incondicional de la afición mallorquinista. El broche de oro a la temporada lo puso Samuel Etoo al recibir el trofeo internacional más importante jamás concedido a un jugador del RCD Mallorca, nada menos que el Balón de Oro Africano 2003, galardón que lo erigía como Mejor Jugador de África del año 2003.
La 2004-2005 fue una temporada en la que se cumplió in extremis el objetivo soñado: permanecer por noveno año consecutivo en Primera División. El proyecto, que en un principio se iniciaba con Luis Aragonés al frente y que tras su designación como seleccionador nacional español arrancó finalmente con Benito Floro como responsable técnico, no llegó a cuajar siendo sustituido el técnico asturiano en el mes de noviembre por nada menos que Héctor Cúper; uno de los mejores entrenadores del mundo. No obstante, de la mano de Floro recalaba en las filas rojillas Juan Arango; uno de los mejores jugadores de la historia del RCD Mallorca durante sus cinco años como bermellón.
Mientras el conjunto rojillo finalizaba su participación en la Copa del Rey en los dieciseisavos de final ante el Lanzarote, la lucha liguera por la permanencia se convertía en la auténtica e irrenunciable prioridad. El premio de la salvación se fraguó en los últimos 90 minutos de la temporada ante un Betis de Champions. Un Son Moix repleto con 23.142 camisetas rojillas dando color a la grada aupó al equipo hasta la 17ª posición en la tabla, por delante del Levante UD. Se considera esta campaña como la de la consagración de la afición mallorquinista, que acompañó al equipo en sus dos últimos desplazamientos (Pamplona y La Coruña) jugando un papel crucial en el camino recorrido hasta lograr eludir el descenso.
En 2005 se inauguró una nueva etapa al ser el primer año de Vicenç Grande al frente del RCD Mallorca. El 8 de junio de 2005 Mateo Alemany, después de ocupar la presidencia de la entidad balear durante cinco años, cedió el testigo a Grande. Por su parte, Héctor Cúper empezó la temporada como técnico rojillo pero debido a los malos resultados en Liga -el equipo estaba en la última posición de la tabla- y la eliminación en tercera ronda de la Copa del Rey ante el Alcoyano por 4-1, hicieron que el argentino, en un acto de honradez hacia el Club y hacia toda la afición mallorquinista, presentara su dimisión el 13 de febrero rescindiendo su contrato, ya que sabía que su permanencia en el banquillo sólo agravaría la pésima línea de resultados.
Entonces el RCD Mallorca recurrió a Gregorio Manzano, el hombre que condujo al Club a la cima de la historia con la conquista de la Copa del Rey. El de Bailén consiguió darle otro carácter al equipo nada más llegar. Ganó al Málaga y al Madrid. Seis puntos que hicieron que los rojillos abandonaran, para no volver más en lo que quedaba de campeonato, los puestos de descenso. Pero no fue hasta el penúltimo partido ante el Betis (1-1) donde el RCD Mallorca consiguiera matemáticamente la permanencia poder celebrar así diez años en la máxima competición.
La 2006-2007 supuso un salto cualitativo para el RCD Mallorca. La estabilidad accionarial y deportiva, con Gregorio Manzano sentado en el banco, permitió una buena planificación, y esto se manifestó en el terreno de juego a lo largo del Campeonato. El conjunto rojillo conseguía ahora la permanencia más plácida de las últimas temporadas, sellando la salvación a falta de seis jornadas para el final de Liga. Además, el técnico andaluz superó un nuevo registro puesto que los isleños encadenaron hasta siete victorias consecutivas en el ONO Estadi, un hito nunca vista en Primera División por nuestro Club. En la Copa del Rey, el RCD Mallorca cayó ante el Deportivo de La Coruña, después de eliminar al Athletic de Bilbao en una apasionante eliminatoria.
En la siguiente temporada, muchos fueron los récords que se alcanzaron en treinta y ocho partidos disputados pero entre ellos destacan los veintisiete goles del pichichi de la Liga, Daniel González Güiza; la mayor goleada de la historia del club o bien que se rompía el maleficio de Mestalla.