El día 5 de enero del 2000 la Federación de Historia y Estadísticas del Fútbol designa al RCD Mallorca el octavo mejor equipo del mundo en el año 1999.
El RCD Mallorca, entrenado por Luis Aragonés, consigue el tercer puesto en la Liga, con récord de puntuación en la historia del Club, 71 puntos. De esta forma, se clasifica por segunda vez para tomar parte en la Champions League. Igualmente, se consigue récord de goles (61) y de victorias (20) y encaja el menor número de derrotas en Primera (7); aunque estos últimos registros fueron batidos en la temporada 2007/08.
Así las cosas, el RCD Mallorca conseguía clasificarse para la Champions League, después de eliminar en la prórroga al Hajduk Split de Croacia. El resultado de la ida fue de 1-0 en Split, y de 2-0 en Palma, con goles de Etoo y Luque. En la liguilla de Champions, el Mallorca quedó encuadrado en el grupo C, junto a Arsenal, Schalke 04 y Panathinaikos. Debutó en Palma contra el Arsenal el 11-09-02, con victoria del Mallorca por 1-0 y gol de Engonga. A pesar de que el Mallorca consiguió vencer a todos sus rivales, para sumar 9 puntos, no pudo pasar a la siguiente fase. En Liga, el RCD Mallorca consiguió la permanencia en Primera División per sexto año consecutivo.
El 28 de junio de 2003 se convirtió en el día más importante de los 87 años de historia del RCD Mallorca tras la consecución de la Copa de S.M. El Rey, el primer gran título del Club, al vencer al Recreativo de Huelva por 3 goles a 0, en el Estadio Martínez Valero de Elche como escenario. Más de 15.000 mallorquinistas fueron testigos de la gesta en la peregrinación más numerosa de la historia de la isla. En su camino hacia la final, el conjunto de Gregorio Manzano – en su primera etapa como rojillo- dejó atrás al Deportivo de La Coruña en semifinales y al Real Madrid en los cuartos de final, campeón y subcampeón de la edición anterior, respectivamente. Una sensacional actuación de Samuel Etoo, autor de dos de los tres tantos bermellones, condujo al equipo a un triunfo que, además de clasificar al Mallorca para disputar la próxima edición de la UEFA, le situó entre los únicos 15 clubes de España que cuentan con un trofeo de Copa en sus vitrinas.
En la competición regular, el equipo tuvo un complicado inicio de temporada en el que, después de tres jornadas, ocupaba el último puesto de la clasificación contando sus encuentros por derrotas. A continuación, el RCD Mallorca imprimió un giro radical a su trayectoria, logrando el récord de victorias consecutivas en Primera División, un total de 7, lo que le colocó durante varias jornadas en segunda posición. Las numerosas lesiones, junto con la acumulación de partidos en la recta final del campeonato provocaron que el equipo bermellón se mostrara algo irregular, finalizando la Liga 2002-03 en noveno lugar.
Si la temporada anterior concluía con el hito histórico más importante del Club bermellón al alzarse con la Copa del Rey, apenas dos meses después, el día 21 de agosto de 2004, se formalizaba la ampliación de capital que daba origen a un nuevo Consejo de Administración con el que la propiedad del RCD Mallorca regresaba a manos mallorquinas.
De esta forma, la entidad iniciaba un nuevo ciclo en lo económico y social, mientras que en lo deportivo seguía marcando una época: al mismo tiempo que la Federación Internacional de Historia & Estadísticas del Fútbol (IFFHS) nombraba al Mallorca el 22 mejor equipo del mundo en 2003, el conjunto mallorquinista continuaba aumentando su leyenda europea disputando una nueva edición de la Copa de la UEFA, su 7ª participación europea, con un nuevo técnico en el banquillo, el portugués Jaime Pacheco. Las dificultades de adaptación al fútbol español propiciaron su pronta salida del Club, siendo sustituido temporalmente por el entrenador de la casa Tomeu Llompart, mientras se concretaba la llegada definitiva de Luis Aragonés. El “Sabio de Hortaleza” iniciaba así su segunda etapa en el Mallorca. Tras unas primeras semanas complicadas, en las que la no terminaban de llegar los fichajes debido al proceso de ampliación de capital y el nuevo cambio de entrenador, ralentizaron el óptimo rendimiento de la plantilla; pero aun así, el conjunto rojillo logró encadenar cinco triunfos consecutivos que le situaron en la sexta plaza de la clasificación.