El Mallorca iba a conseguir en este trienio su máxima continuidad hasta la fecha en la máxima categoría. Tres temporadas consecutivas en la élite en las que, además, disputaría su primera final de Copa del Rey. Fue un 29 de junio de 1991 en el estadio Santiago Bernabéu. El rival, el Atlético de Madrid. Allí, a pesar de jugar en terreno contrario y ante un equipo, teóricamente superior, los de Serra Ferrer sólo perderían en la prórroga tras un gol de Alfredo en el minuto 111 de partido. Esa misma temporada sería la del salto de Miquel Àngel Nadal al FC Barcelona y también la de la irrupción de Francisco ‘Chichi’ Soler, quién junto a Gabi Vidal se iba a convertir, un año después, en campeón olímpico.
En la 91-92 se acabaría el ciclo con la consumación del descenso a Segunda y el comienzo de la transformación en Sociedad Anónima. En esa temporada, además, coincidieron en la portería bermellona tres de los mejores porteros de la historia Ezaki, Stelea y Toni Prats.
Hasta cinco temporadas se mantendría el Mallorca en Segunda División. Los sucesivos proyectos no conseguían dar el salto definitivo hasta que en la temporada 96-97, Tomeu Llompart y Pep Bonet iban a hacer posible el ‘histórico’ ascenso de Vallecas. Víctor Muñoz había empezado la temporada en el banquillo pero a falta de pocas jornadas para el final era destituido y su lugar lo ocupaba el tándem de técnicos mallorquines que cambiarían la historia el 29 de junio de 1997 gracias a un gol de Carlitos que iba a cambiar para siempre la historia del RCD Mallorca.
En julio de 1997, justo después de ascender, se fichaba a Héctor Cúper como entrenador. Al cabo de un año el equipo consigue el Subcampeonato de la Copa del Rey (cayó derrotado frente al FC Barcelona en la tanda de penaltis después de concluir el partido y la prórroga con el resultado de 1-1); la Supercopa de España (venciendo al FC Barcelona en Palma y en el Nou Camp) y jugar la Recopa de Europa, además de haber conseguido terminar la Liga en 5º lugar, en posición UEFA. El 22 de agosto, en efecto, el RCD Mallorca consiguió el primer título oficial de su historia al imponerse en el Nou Camp al FC Barcelona por 0-1 adjudicándose así la Supercopa en el partido de ida -jugado el 18 de este mes en Palma- ya se había impuesto al equipo catalán por 2-1.
También esta temporada el RCD Mallorca B ascendió, por primera vez, a la Segunda división A.
No obstante, la primera gran hazaña mallorquinista en Europa llegó el 19 de mayo de 1999 cuando el RCD Mallorca llegaba a la final de la Recopa de Europa. Después de eliminar al Heart of Midlothian de Escocia; al Genk de Bélgica; al Varteks de Croacia y al Chelsea de Inglaterra, el Real Mallorca caía frente a la SS Lazzio de Italia por 1-2 en partido disputado el 19 de mayo en el estadio Villa Park de Birmingham; consiguiendo así el subcampeonato de la última edición de la Recopa. En cuanto a la Liga, quedó clasificado en 3ª posición -el mejor lugar de la historia-, por detrás del FC Barcelona y el Real Madrid, obteniendo a su vez una plaza en Europa que le dio licencia para disputar la fase preliminar de la Liga de Campeones y, posteriormente, la Copa UEFA.
El 21 de agosto de 1999 es una fecha marcada en rojo en la historia del Club porque el RCD Mallorca juega su primer encuentro en el nuevo estadio Son Moix. Es, a su vez, el primer partido de la primera jornada del Campeonato de Liga. En un espectacular y dramático duelo, el Real Madrid vence en los últimos minutos por 1-2. El jugador Carlos consiguió el primer gol en este estadio, que suponía también el número 500 del Real Mallorca en Primera división. El 1-0 se mantuvo hasta el minuto 91 cuando, primero Morientes y Raúl dos minutos después, sentenciaban el partido; llevándose tres puntos a la capital de España.